Passos inquietantes ecoam no deserto da morte. Shadow Moon, o inimigo mais poderoso e imortal de todos, voltou. Shadow Moon faz um pacto obscuro com o General Jark. No entanto, um dos quatro generais não quer colaborar com Shadow Moon e põe em prática um plano secreto, levando junto da luta entre RX e Shadow Moon o Monstro Mutante Antronto.